南洋水师，或作南洋舰队、南洋海军，是清朝洋务运动中建立的其中一支现代海军舰队。正式建立是在1875年，命时任两江总督兼南洋通商大臣沈葆桢建立。至1884年中法战争前已颇有规模，有巡洋舰、炮舰等十七艘约二万吨。1884年中法战争中，南洋舰队失去两舰，又因意外沉没一舰。南洋水师的军舰多数为江南制造局及福州船政局所制造，只有少量购自英、德国。由于清廷的政策是先集中力量发展北洋水师，故此南洋水师无论是吨位、装备、人员及实力皆与之相差甚远。南洋水师负责海域为江浙一带，停泊地则主要为上海、南京。
1874年日本企图入侵台湾，引起清政府警惕。年底恭亲王奕?开始筹议海防，至1875年中决定由李鸿章、左宗棠分别督办北洋、南洋海防；并在北洋先创立水师一军，购置铁甲舰一二，准备日后以一化三，择要分布。每年从海关预算四百万元，分解南北二洋。后沈葆桢以四百万分建两军分散太少，提出全数解北洋。1885年中法战争时，南洋水师曾派五舰赴台支援，在海上与遇法舰九艘。南洋舰队中三舰退避入港，另外二舰进入石浦湾后自沉。之后南洋水师一度长期停止建购新舰。甲午战争后北洋水师覆没后，南洋水师部份舰艇调防北洋。至1909年，南北两洋水师合并，改成立巡洋舰队及长江舰队。南洋舰队正式消失。