似乎在红警三中有这样一个漏洞，如果一个长枪迷你潜艇使用了“最后航程”技能而未被摧毁，会导致该长枪迷你潜艇之后的速度大大提升。
在海上展开的战斗是红色警戒3的一项新特性。每个阵营都可以使用海军单位——一种在许多方面与载具类似的单位，区别在于：海军单位在水里是不存在碾压和被碾轧关系的(特例是旭日帝国的将军舰有一种特殊方法可以实现类似碾压的效果，它可以使用“高速冲撞”技能撞毁所有挡路的舰船)。此外，部分海军单位是两栖的，能驶上陆地。海军单位始终被判定为地面部队，因此还是能被对地火力伤及。
下列海军单位是两栖的： 　尽管大多数海军单位都在海面上航行，少数一些，如苏联的阿库拉潜艇，具有在海面下潜行的能力。潜行的舰船不会在敌人的雷达上显现，也无法用对地武器(例如飞机发射的火箭或者投掷的炸弹)直接瞄准——除非这些潜行的单位主动浮出海面发起进攻。只有震荡型(Concussive-class)武器能够直接攻击潜行的船舰。
下列海军单位在浮出海面发起进攻之前都会保持隐蔽：
苏联：貂鱼快艇
盟军：突击驱逐舰
说明：旭日帝国阵营没有两栖的海军单位，却有许多两栖的载具。
苏联：阿库拉潜艇
旭日帝国：海翼、长枪迷你潜艇
说明：盟军没有能在海平面下潜行的海军单位。
苏联：阿库拉潜艇
盟军：海豚、激流ACV
旭日帝国：剃刀巡洋舰、长枪迷你潜艇