相差一万美金肯定会对你们的核销有影响，但是是可以消除这个影响的。
外管局有一个规定，允许有±5000美金的差额。你说你们客户会在最后一次发货的时候，将货款都会结清，那就可以解决问题，有两种方法：
方法一：如果整批货物出口到收汇的时间不会相差太久，你完全可以等全部收款结清之后来核销。
方法二：如果整批货物从出口到完全收汇的时间跨度比较大，你可以这样来处理，为了让你好理解，我举个例子来说明：如果你这批货物分5次出口和收汇，总金额为20万美金，每次出口4万美金。如你所说，第一次出口4万美金的货物，但是你只收到了3万美金的货款，此次核销你可以用别的货款来抵消，例如你从别的一票货款来抽出5000美金，这样，这批次的核销总额即为35000美金，比4万美金少了5000，这刚好符合外管局的规定，而你所抽出来的那批次货物核销的时候，刚好也是少了5000美金，也是符合的，【注意，这两票货物要分两次来核销，这样就OK】但是千万不要从别的货款中抽出太多，因为你最终是要将全部货款收回来的，也就是说如果这次核销了，你最终还是要多出1万美金的额度，到时候这1万美金还是要分摊到别的核销报表里面去，不同的是这时是多出部分外汇。
为了让风险再小一点，你可以在第一次核销的时候从别的两批次货款中抽出适当的额度，如每批次抽出3000美金，那你这批货物的第一次核销即为36000（3万美金+从别的两票抽出来的各3000美金），比实际出口额少了4000美金，这样风险就更小一点了。到最后你分摊多出来的1万美金的时候，你可以多分几个批次。
【记住，你可以多做几个报表，每个报表的相差额度只要不超过5000美金就没有任何问题】

说的有点杂，实在有不清楚的可以给我留言。