日本海上保安厅不属于海上自卫队。海上保安厅是日本为维持海上安全及治安而设置的行政机关，隶属于日本政府国土交通省。
主要以海难救助、交通安全、防灾及环境、保全治安为任务，但实际上是海洋权益保全（领海警备、海洋调查）。海上保安厅与其他国家的沿岸警备队（Coast Guard）、国境警备队等准军事组织的职务相当，职员数约1.2万人，大部分是海上保安官。
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日本海上保安厅总部设在东京，包括保安厅长官、次长和警备救难监事，其下设立首席监察官、 行政部、装备技术部、警备救难部、交通部等5个职能部，其中行政部主要负责公共关系、国际交流、人事管理、预算财务等工作；
装备技术部主要负责船艇建造、飞机采购以及其他装备购置等工作； 警备救助部主要负责海上公共秩序、海上救难与污染防制等工作；海洋情报部主要负责海图测绘、航道测量、海洋观测、提供海图出版物和确保航行安全所需的信息管理等工作；
海上交通部主要负责航行安全措施的实施、航标的设立、维护和运作等工作。此外，保安厅总部还直辖一所海上保安大学以及三所海上保安学校，专门负责海上保安人才的培育。
参考资料来源：百度百科-日本海上保安厅
日本海上保安厅不属于海上自卫队。
海上保安厅（英语：Japan Coast Guard，缩写：JCG，简称“海保”），是日本为维持海上安全及治安而设置的行政机关，隶属于日本政府国土交通省。海上保安厅负责海上治安、海难救助、海上交通整理、海图制作等海洋资讯（水路）业务、航路标识管理等业务。
日本海上自卫队（英语：Japan Maritime Self-Defense Force，缩写：JMSDF，舰艇前缀：JMSDF或JS）是隶属于日本政府防卫省的特别机关，在地位上相当于他国的海军，即日本国的海上武装力量。
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日本的行政管理体系简介：
一、《日本国宪法》规定内阁是日本中央政权机关的领导核心，日本最高的国家行政机构，对国会负责，日本内阁由内阁总理大臣（首相）和分管各省厅（部委）的大臣组成。
二、内阁的组织机构由总理府及其下属外局（包括各委员会和各厅）、12个行政省以及内阁辅助机构。
1、总务省：该省担当着广泛关系到国民生活基础的行政机构角色。掌管与行政组织、公务员制度、地方行政及财政、选举制度、消防防灾、资讯传递、邮政事业及统计等国家的基本结构有关的制度，以及支持国民经济及社会活动等的基本系统。
2、法务省：维持基本法制、制定法律、维护国民权利、统一处理与国家利害有关的诉讼的行政机关。在一般情形下，国务大臣由法务大臣来升任。
3、外务省：外务省是负责日本国对外关系的行政机关，包括对外政策、派驻使节、通商航海及缔结条约的事项，并且做为驻外单位与国内政府沟通的桥梁，负责情报收集分析、旅外侨民照顾及保护和文化宣传等事务。
4、财务省：2001年1月6日，日本中央省厅重新编制，大藏省改制为财务省。国家的预算、税制、货币、国债等事宜都属于财务省职权。
5、文部科学省：负责统筹日本国内教育、科学技术、学术、文化、及体育等事务。2001年1月6日起由原文部省及科学技术厅合并而成。
6、厚生劳动省：日本的医疗、劳动政策、社会保险、公积金、旧的陆军省和海军省的残留的行政都是厚生劳动省所负责的。
7、农林水产省：管辖范围涵括农业畜产业、林业、水产业、食品安全、食物稳定供应、振兴农村。
8、经济产业省：前身是通商产业省。它负责提高民间经济活力，使对外经济关系顺利发展，确保经济与产业得到发展，使矿物资源及能源的供应稳定而且保持效率。
9、国土交通省：掌管事务除了国土的计划及立法之外，还有河川、都市、住宅、道路、港湾、政府厅舍等的建造维护及维持管理的硬件；国土的测量、交通及观光政策、气象业务、防灾对策以及日本国管辖范围内的海上治安及安全等软性对策；以及身为社会资本维护的中核等多项事务。
10、环境省：负责地球环境保全、防止公害、废弃物対策、自然环境的保护及整备环境。
11、防卫省：主要掌管国防相关事务，类似其他国家的国防部。其管辖之下的日本自卫队，乃全球最强大的武力之一。最高首长为防卫大臣，由日本首相任命。
12、安全保障会议：安全保障会议是内阁总理大臣在国家安全方面的咨询机构，实际上是日本国防的决策机构。其成员包括内阁总理大臣(担任议长)、副总理大臣、外务大臣、大藏大臣、防卫厅长官、经济企划厅长官和国家公安委员会委员长等。
参考资料来源：百度百科-日本行政机构
