进入明清时期以后，中国古代战船的发展有两个显著的特点，一是隋唐五代两宋时期多用于锤击敌船的拍竿已经消失，而改以战船本身犁沉敌船，这说明船舶制造和驾驶技术的进步；二是从明初起，战船上配备了火炮。宋朝的海舟以福建船为上，明朝的海舟则以舟山的乌艚船为首，而浙直间多用沙船御倭，后来用沙船、福仓船和东莞船守舟山。大号福船势雄力大，便于冲犁敌船，即所谓斗船力不斗人力。大福船柁楼三重，底尖上阔，首尾高昂,能容百人,福船的形制规格最称完备。广船主骨架用铁力木制成，坚固性胜过福船，但铁力木难得，维修不便，后来游击将军侯国弼加以改进，底用广船式，上用福船面。明朝在江浙一带作战时往往使用两头尖的鹰船先行,它行驶敏捷,进退裕如；沙船随进，战无不胜。尤其是浙江的十橹苍山船,原是太平县渔船,曾在抗倭战争中发挥重大作用，号称“苍山铁”。后来战场南移又多用福船御敌。嘉靖四十年(1561)的宁台温之捷, 戚继光 、胡震等所部战船近战倭船,犁沉敌船10余艘，烧残敌船5艘。从这一战例中可见当时明军的战舰占有较大的优势，舰船结构强度和航行速度均优于敌舰。明朝还制造了两头有舵、进退神速的“两头船”，以及特种战船联环舟和子母舟。联环舟船体长4丈（约合12.4米）,分为两截,前截占1/3，装载爆炸火器，后截占2/3，乘战士。冲撞敌船时,舟首倒?钩钉牢敌船,火器爆炸后与敌船同毁。撞击时，联结前后截的铁环自解，后截得以在爆炸前回驶。子母舟长3丈5尺(约合11米),前2丈是舰船，后1丈5尺只有两舷侧帮板,腹内空虚，藏一子舟，母船发火与敌船并焚，军士可驾子舟回营。