目前现代化的潜艇都是具备巡航导弹的发射能力的，而发射的方式分为鱼雷管发射和垂直发射单元发射两种。不仅仅核动力潜艇可以进行巡航导弹的发射，包括常规动力潜艇也是具备这个能力。通常潜艇使用鱼雷管进行发射的时候，这些导弹是需要水中的特殊的保护装置，使用压缩空气把巡航导弹弹射出去之后，导弹开始向水面运动，随后火箭发动机才能工作。

潜艇使用垂直发射单元的发射方式与鱼雷管类似，也是需要借助外力把巡航导弹弹出潜艇的发射单元，当接近水面的时候火箭发动机才能启动，而到达空中的时候就是根据发动机的不同有所区别了。巡航导弹有的是采用涡扇发动机，有的包括助推器全部都是火箭发动机。

使用水面舰艇发射巡航导弹比起潜艇来说就干脆了许多，如果采用倾斜发射，导弹冲出发射储运箱就可以飞向目标，而采用垂直发射单元则是采用燃气弹射或者热发射直接使用火箭发动机启动垂直飞出发射单元。与潜艇携带的巡航导弹相比，水面舰艇的使用相对来说简单一些，而潜艇的发射需要更为复杂，包括水深和洋流等都需要考虑，更重要的是对目标信息的获得潜艇就没有优势了。

实际上潜艇发射巡航导弹也是在接近水面的状态进行，包括发射弹道导弹也是如此，要说与水面舰艇相比使用巡航导弹的优缺点，潜艇可以进行隐蔽打击，比起水面舰艇来说更难以被发现，但是缺点是发射过程非常复杂。而对于水面舰艇来说发射就轻松自如了，包括对于目标的探测和数据的传输等都具备优势。