全国内河航道划分为两个层次：包括高等级航道和其它等级航道。高等级航道是全国内河航道的核心和骨干，是国家综合运输体系的重要组成部分，有条件的还可与其他交通方式共同组成发展为综合运输大通道，主要指现有的和规划建设为可通航千吨级船舶的三级及以上航道，个别地区的航道受条件限制为可通航500吨级船舶的四级航道。
全国内河港口划分为三个层次：包括主要港口、地区重要港口和一般港口。内河主要港口是指地理位置重要、吞吐量较大、对经济发展影响较广的港口。
本次规划的重点是内河高等级航道和主要港口。内河其它等级航道以及地区重要港口和一般港口由各省(自治区、直辖市)人民政府在各省(自治区、直辖市)内河水运规划中明确。
(二)布局方案
在水资源较为丰富的长江水系、珠江水系、京杭运河与淮河水系、黑龙江和松辽水系及其他水系，形成长江干线、西江航运干线、京杭运河、长江三角洲高等级航道网、珠江三角洲高等级航道网、18条主要干支流高等级航道(两横一纵两网十八线、简称2-1-2-18)和28个主要港口布局。
规划内河高等级航道约1.9万公里（约占全国内河航道里程的15%），其中三级及以上航道14300公里，四级航道4800公里，分别占75%和25%。
规划内河主要港口包括泸州港、重庆港、宜昌港、荆州港、武汉港、黄石港、长沙港、岳阳港、南昌港、九江港、芜湖港、安庆港、马鞍山港、合肥港、湖州港、嘉兴内河港、济宁港、徐州港、无锡港、杭州港、蚌埠港、南宁港、贵港港、梧州港、肇庆港、佛山港、哈尔滨港、佳木斯港。
1、长江水系
长江水系高等级航道布局方案为“一横一网十线”。
“一横”：长江干线
“一网”：长江三角洲高等级航道网
以长江干线和京杭运河为核心，三级航道为主体，四级航道为补充，由23条航道组成“两纵六横”高等级航道网。两纵：京杭运河—杭甬运河(含锡澄运河、丹金溧漕河、锡溧漕河、乍嘉苏线)，连申线(含杨林塘)；六横：长江干线(南京以下)，淮河出海航道—盐河，通扬线，芜申线—苏申外港线(含苏申内港线)，长湖申线—黄浦江—大浦线、赵家沟—大芦线(含湖嘉申线)，钱塘江—杭申线(含杭平申线)。
“十线”：岷江、嘉陵江、乌江、湘江、沅水、汉江、江汉运河、赣江、信江、合裕线。
长江水系主要港口布局方案为16个：泸州港、重庆港、宜昌港、荆州港、武汉港、黄石港、长沙港、岳阳港、南昌港、九江港、芜湖港、安庆港、马鞍山港、合肥港、湖州港、嘉兴内河港。