据南通航运职业技术学院官网2014年9月信息显示，学院设有航海、轮机工程、船舶工程、交通工程、管理信息、机电、人文艺术等7个系 ，开设48个不同专业（方向）。
船舶工程技术 3
2 船舶工程技术 3
3 船舶工程技术 3
4 船舶检验 3
5 焊接技术及自动化 3
6 钢结构建造技术 3
7 管理信息系 国际航运业务管理 3
8 集装箱运输管理 3
9 报关与国际货运 3
10 交通运营管理 3
11 计算机网络技术 3
12 计算机多媒体技术 3
13 计算机系统维护 3
14 软件技术 3
15 软件技术 3
16 动漫设计与制作 3
17 会计 3
18 国际商务 3
19 物流管理 3
20 航海系 航海技术 3
21 海事管理 3
22 机电系 光伏发电技术及应用 3
23 机械制造与自动化 3
24 机械制造与自动化 3
25 机械制造与自动化 3
26 数控技术 3
27 机电一体化技术 3
28 电气自动化技术 3
29 交通工程系 汽车运用技术 3
30 汽车运用技术 3
31 港口物流设备与自动控制 3
32 港口物流设备与自动控制 3
33 港口物流设备与自动控制 3
34 港口工程技术 3
35 建筑工程技术 3
36 工程监理 3
37 工程监理 3
38 轮机工程系 轮机工程技术 3
39 轮机工程技术 3
40 轮机工程技术 3
41 制冷与空调技术 3
42 人文艺术系 室内设计技术 3
43 环境艺术设计 3
44 商务英语 3
45 商务日语 3
46 视觉传达艺术设计 3
47 视觉传达艺术设计 3
48 广告设计与制作 3
学院设有“国家职业技能鉴定所”、“教育部教育管理信息中心南通培训基地”、“中国海事服务中心南通培训基地”、“江苏省航道技能人才教育培训基地”、“江苏省海员培训中心”和“上海交通大学网络学院南通远程学习中心”、 “中新（南通）国际海事培训中心”等培训机构（基地）。学院具有国家海事局认可的与国际接轨的42项海员培训资格，也是国家海事局唯一认定实施教育扶贫的高职院校。