船员的合法权益受到侵害时：首先可以通过船上或公司的内部程序，协商解决问题。

如果问题无法在内部程序得到妥善解决时，船员可以决定向海事法院提起诉讼。对于船员劳务合同，可以直接向海事法院提起诉讼；对于船员劳动合同，则需要先进行劳动仲裁，对仲裁结果不服的，再向法院提起诉讼。

具体如下:

一是行政途径。按照《劳动合同法》与船东签订了劳动合同，构成劳动关系的船员，发生船员劳务纠纷，侵犯船员权益，可向劳动合同原发地或公司所在地方劳动督查部门举报，举报电话是12333。也可以向有管辖权的劳动行政部门提起劳动仲裁，依据仲裁裁决向法院申请执行。

二是司法途径。按照民法相关规定与船东签订劳务合同的船员，可以直接向有管辖权的海事法院提起诉讼，依据法院的判决或仲裁裁决申请执行。不过，船舶优先权的存续期间为一年，船员讨回工资要在离船后一年内行使，否则债权仍然存在，优先权消失。

三是其他途径。船员工作的船舶停靠在中国境内港口时，船员可向上船检查的海事主管部门进行船上投诉。船员工作的船舶在《中国船员集体协议（A类）》覆盖下的，船员可以依据集体协议第十二章的相关规定进行投诉、诉讼或仲裁，维护自身权益，还可以通过当地省、市总工会法律部门进行投诉。