首先需要澄清，在黑暗战役中，最先攻击自然选择号等战舰的不是蓝色空间号，而是终极规律号，它向其他四艘战舰发射了十二枚次声波氢弹。蓝色空间号应该算是自卫反击，根据书中描述，它提前做了应对措施，内部抽成真空，所有人员都穿上了航天服。真空条件下不可能产生次声波，所以终极规律号的攻击没有造成蓝色空间号的人员伤亡，只是使舰体受到轻微损伤。
之后，蓝色空间号迅速反击，先是用高能伽马射线激光击中终极规律号，使舰体被灼出大洞、内部迅速起火并爆炸的终极规律号失去了作战能力，然后用氢弹和电磁动能弹连续攻击，最终全灭终极规律号，终极规律号上的人员无一生还。
同样的结果也发生在自然选择号、企业号、深空号三艘战舰上。具体过程书里没有详写，但可以分析出来，它们应该都是被终极规律号的次声波氢弹一招毙命的。因为书里写了终极规律号一开始就同时向四艘战舰发动进攻（向距离更远的自然选择号发射的氢弹更早一些，因为要确保四艘战舰同时爆炸），但没有说除了蓝色空间号还有哪艘战舰也提前抽成了真空，所以另外三艘战舰应该是被终极规律号成功灭掉。
战争结束后，除了已经在爆炸中解体的终极规律号，其余三艘战舰的燃料都被蓝色空间号收集起来，各种部件则被拆卸下来，由蓝色空间号携带着继续太空远行。那些部件相当多，以致蓝色空间号内部放不下，只能在船体上再弄几个外部存储舱。三艘战舰剩下的舰体呢，则被用来搭建了太空陵墓。
可见那三艘战舰的舰体并无太大损害，物件都保存得挺齐整，这也证明了它们是被次声波氢弹灭掉的。因为书中有写，这种武器的特点就是可以杀死飞船内的一切宏观生命，同时不损坏飞行设备。
总之，那三艘战舰一开始就被终极规律号灭掉了，只有蓝色空间号反过来灭掉了终极规律号。所以，虽说蓝色空间号是最后的胜利者，是真正从黑暗中孕育出来的太空新人类，但由于不是第一个动手，而是“自卫反击”，感觉上似乎罪孽也就轻了一点。
当然，这其实也是错觉。按照书里的描写，当时应该是几艘战舰都同时领悟到黑暗森林法则了，就看谁先下手。企业号和深空号的情况，书里没写。但自然选择号是准备下手的，章北海都拆掉氢弹战斗部的第二道保险锁了，就比终极规律号晚了一点，致使这位无数读者喜欢的英雄提前领了盒饭。只能说蓝色空间号更聪明，不但猜到大家都会下手，而且猜到大家都会选择次声波氢弹，所以提前做好防范，躲过次声波后反戈一击，不但成为最后的赢家，而且手上染的血只来自“自卫反击”。至于另外几艘牺牲的战舰，账得算到终极规律号身上，不算蓝色空间号的罪孽，因为不是蓝色空间号攻击它们的。
这么缜密的思维，难怪很多人觉得蓝色空间号的舰长褚岩才是真正的钢印族，算是得到章北海衣钵真传——虽然两人之前实际上没有太多交集。不管褚岩是不是钢印族，后来青铜时代号返航后被暗算，蓝色空间号安然无恙，还成功策动万有引力号发射了引力波，种种叙写，虽然简略，也足够说明褚岩这个人物足以担当太空新人类的领袖了。
蓝色空间号和褚岩给人好感，是因为这艘战舰在这位舰长的带领下，种种表现算是在人类推崇的人性、道义和太空新人类所需要的理性新法则之间，找到了最佳平衡。
所以前面有答主说，获胜后的蓝色空间号不忍心占用被灭掉的同类之前所拥有的战舰，似乎也不无道理。
不过在我看来，更实在的理由是没必要占用自然选择号。
诚然，作为人类太空舰队后期发展的新型战舰、亚洲舰队第三分舰队的旗舰，自然选择号在吨位和性能上都是首屈一指的。具体有多厉害就不多说了，书里有详细描写。
但是，蓝色空间号是追击自然选择号的战舰之一，自然不可能比自然选择号落后，否则怎么完成追击任务？我想，至少在性能上应该是不相上下的，最多是吨位有所区别。
书中有写，自然选择号上的人员有两千多名。黑暗战役结束后，幸存的蓝色空间号总有一千二百七十三人，可见蓝色空间号的规模也不小，至少抵得上半个自然选择号有余。
黑暗战役中总共有四千二百四十七名死者，分属被消灭的四艘战舰。其中自然选择号就有两千多名了，那么终极规律号、企业号、深空号加起来也就最多两千名出头，也就是这三艘战舰加起来的体量才抵得上一个自然选择号。由此可见，这几艘战舰中，除了自然选择号，很可能体量最大的就是蓝色空间号了。
换言之，蓝色空间号自己就是第二位了，没必要非得占据第一位的飞船。与其费时费力地搬迁到自然选择号上，还不如把它拆了带走。毕竟，就算搬过去了，那不还得把原来的母舰蓝色空间号拆掉带走？何必多此一举呢。
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