因为巴拿马不但是中立国便于在各国港口停靠，而且税负低廉利于提高利润率，为了省钱各个船运公司自然乐于在巴拿马注册。

根据联合国的《海洋法公约》，在海上航行的船只是必须取得国家或地区的船籍，悬挂该国或地区旗帜后才可以在海面上航行。一艘船只能有一个国籍，如果有两个或以上的国籍，或者没有国籍，各国是不予承认的，同时也会被各国的海军当做海盗来打击。

那么问题就来了，商旅和贸易往来密切的往往是大国，而作为大国而言规章自然是繁琐不堪，而税负也高居不下，久而久之，这些船运公司的利润率就下降了。但是一些海边或者依托海运的小国却因为无人问津而发展缓慢，所以为了发展自身，这些小国开始放开船舶注册制度或者是建立方便的税收政策来吸引船运公司落户。

于是就出现了“方便旗”制度。“方便旗”指的他国下水的船只悬挂航运政策优惠国的旗帜。

1915年，当时美国通过了“海员法案”，该法案要求在美注册的船舶企业必须优待海员，并且完善安全设施，美国航运局将不定期对这些船舶进行抽查，当时的这些企业认为这个法案严重阻碍了航运业发展，而且让自己少赚了钱，开始想方设法的逃避，最终选择在外国注册船舶来规避。而在两次世界大战期间，由于美国政府严禁美国船只进入交战水域和交战国，更是加速了这一进程。

当时美国船舶企业在海外注册的目的地有两个，一个是利比里亚，另一个就是巴拿马。这两个国家都有共同的特点，那就是对船舶审核相当宽松，只需要给船发个船籍和每年收个船舶管理费，其他的一概不管。这相较于其他国家又是收费项目多，又是检查制度严来说，优势太大了。

一开始，由于巴拿马凭借链接太平洋和大西洋的运河得天独厚的优势，只顾着招收船舶的数量，基本没有船舶质量和公司审核，这种粗放型的发展虽然很快，但是也留下了安全隐患。再加之该国内政不稳定，时不时的故意额外克扣船舶管理费用，或者收归国有化。这两种情况合二为一，使得一开始巴拿马船舶注册的名声并不好，连续多年都被利比里亚所超越。

后来巴拿马政局稳定后，为了恢复第一船舶海外注册地的地位，开始了一系列的整改：首先是加大了对船舶质量与注册公司的审核，引入了处罚制度，对于一些蒙混过关的予以处罚，并且优胜劣汰了一大批的伪劣船只，这有效提升了巴拿马船的形象。其次进一步改善了投资环境，放开了对海员国籍、税收等制度的约束。

这么一双管齐下，摆脱了之前的不好印象，巴拿马船国际地位大大上升，目前巴拿马船在全世界的总船舶数量当中占到了12%，超过了利比里亚2个百分点，达到了4922艘。

所以宽松的税负法规制度、中立国的背景、良好的服务态度，使得各国船运企业落户巴拿马。