决定集装箱海运价格的因素很多。由于海洋运输的复杂性，并且随着航运市场船公司队伍的越来越壮大以及各国贸易交流的愈加频繁，集装箱海运价格的变化越来越频繁。但是无论怎么变，决定集装箱海运价格的最基础的几点因素都不会变。
　　首先，货物性质及数量决定集装箱海运价格。显然，运价的高低是按货物种类的不同而定，通常货物本身价值高者其运费率亦较价值低的货物的运费率高；货物积载因数的不同影响到舱容的利用率，自然运费率亦不同；货物批量少的运价通常要高于大批量的货物运价；货物数量的多少也影响舱位和船舶吨位的利用率。当会造成较大运力浪费时，其运价亦应较高。
　　其次，货物始发地和目的地决定集装箱海运价格。货物始发地与目的地的不同涉及到港口水深、装卸作业条件、港口使费水平、港口间的计费距离、航次作业时间的长短以及是否需要通过运河、航线上是否有加油港及当地的油价等众多因素影响航线成本与营运经济效益。显然，港口及航线条件好者因船舶经营者能以较低的成本获得较好的效益其运费率亦应低于条件差者。
　　第三，订解约与装货准备完成日期决定集装箱海运价格。当时的市场外部条件会有较大的差异，市场供需情况也会有不同，订约日期和解约日期都会影响运费率的高低。此外，合同期的长短不同，也影响着运价的高低，长期运输合同洽商的运价通常要低于短期合同。
　　第四，使用的船舶。使用船舶不同决定集装箱海运价格，它们的适航性及适货性均不同，故运费率就应不同；使用船舶不同，它们的技术状况、安全保障状况也不同，故国际上常根据是否持有船级来决定运费率以及保险费等；使用船舶不同，它们的成本构成项目也不同，故与成本直接有关的运费率也必定不同。
　　第五，竞争对手决定集装箱海运价格。在市场经济条件下，竞争对手的多少、他们实力的大小以及自己在市场中的实力，对于运费率的高低影响极大。在运输市场中，竞争对手不仅有不同的航运经营者，还涉及到航运经营者与其它运输方式经营者之间的竞争。他们各自通过调整运价的高低来保证自己能够取得尽可能大的货运份额。
　　第六，其它因素决定集装箱海运价格。航运业，尤其是国际航运业已越来越受到各国政府和地区的干预和保护，故政府的各种措施都会影响到运价水平。在汇率波动幅度较大的时期，航运经营者为避免汇率风险所造成的经济损失，往往要在制定运价时加以考虑，或在合同附则中补充特别规定等。