1904年8月，为发展南通地方实业需要，著名民族实业家张謇于长江岸边的天生港兴建两座设施较为齐备、并有一定规模的“通源”、“通靖”码头，设立南通天生港大达轮步公司，经营港口业务，南通港正式成立。天生港码头的建成，结束了南通地区沿江近海无港口码头的历史。新中国成立之初，南通港的港口设施简陋陈旧，仅天生港有一个经过抢修的码头泊位能够勉强使用，没有机构设备，没有货场，仓库面积不足1 000平方米。

1955年5月10日南通市人民政府将天生港大达轮步接管，南通港从一个私营企业跨入全民所有制的行列。

1957年8月10日，长江航运管理局南通港务管理局成立。

1959年任港枢纽工程中的南通港新港区码头建设工程开工，工程包括两座3 000～5 000吨级码头，一座493平方米候船室及仓库、堆场等设施。1960年4月，南通港新港区一号码头投入使用。1961年4月，二号码头建造工程全部竣工。南通港新港区的建设，使南通港从一个地方性内河小港，逐步发展成为苏南重要的水上门户，长江干线的枢纽港口。

1963年，上海海运局“和平”轮由青岛运送黄砂直达南通港，南通港开始出现海进江业务。

70年代后期，南通港开始了大规模码头建设。1980年狼山港区建成了2座万吨级深水码头及1座总建筑面积达6 579平方米的晴雨作业货棚等设施。1983年建成1座2.5万吨级深水码头。狼山港区的开辟，使南通港成为长江上第一个深水大港，形成了江海河中转运输的优势，南通港成为一个开放型、多功能、综合性的江海大港。

1980年3月国务院批准南通港为长江对外贸易运输港，江苏远洋公司“雨花”轮首靠南通港港口一号码头，装运出口香港的棉花399吨，南通港正式开办外贸运输。

1982年11月南通港对外籍船舶开放。1983年5月第一艘来港外籍轮“格陵兰海”号在狼山港区一号码头靠泊卸载。

1984年11月南通至日本神户国际集装箱航线通航。1985年9月南通至香港定期集装箱运输航线通航。

1987年，港口管理体制进行了重大改革，南通港实行交通部和南通市双重领导、以地方管理为主的管理体制。

1991年作为国家“七五”期间的大中型重点项目之一的狼山二期工程全面展开，1993年工程竣工投产，总投资2.5亿元，建成了3座万吨级散货泊位、6座2 000吨级长江泊位，年吞吐能力840万吨。1994年，为适应集装箱运输的不断发展，狼山二期集装箱、多用途泊位工程全面开工。1995年集装箱码头主体工程通过验收并投入试生产。1997年工程全面竣工，总投资3.2亿元，建成2座集装箱专用泊位，可停靠第三代集装箱船作业，年通过能力15万TEU。集装箱码头的建成，结束了南通港无集装箱专用码头的历史。

2001年4月南通港海轮泊位升级改造工程通过竣工验收，南通港405、410两座海轮泊位由2.5万～3万吨级加固升级为5万吨级，南通港成为长江沿线港口中靠泊能力最大的港口。

2002年8月30日，南通港管理体制进行了改革，在原南通港务局体制基础上，成立了南通市港务管理局和南通港口集团有限公司，新成立的南通港口集团将按照现代企业制度规范运作，充分发挥南通港的国家主要港口作用。

2002年12月18日，列入国家“十五”发展建设项目的狼山三期工程正式开工建设。