“末日专机”的E-4B的内部设施
“末日专机”的厨房看起来十分狭小，但这个狭小的厨房可以准备出各式各样的美食，并可以为飞机上十几人甚至百余人准备餐食。在厨房旁边是一个小型的通讯套间，这个套间只有两个皮椅和一张桌子，可以让VIP客人们放心地在这里使用通讯系统。
紧挨着通讯套间的是一个会议室，供高级官员们聚集并进行战术讨论，房间内有一张长方形会议桌，配备电话语音系统，墙上则设有电子屏幕。与会议室相连的是新闻发布间，该套房间有约12个座位和数盘电话，可供记者们及时从会议室中获得第一手信息，并且可向机上会议提出问题。
在新闻发布间后的区域是战斗人员的工作区，由数个小隔间组成。分别用于战术制定、数据传输和重要的控制中心。从披露内容来看，这里的设备以1980年代的技术为主，各类设备密密麻麻地安置在控制台上。军方认为，与现代高科技相比，使用1980年代的技术能够更为有效地防止黑客深入到“末日专机”的系统中。
在飞机的上层，则设置成为了休息区，可供人员休息睡眠。不过，休息区几乎没有窗户，安排为左右两排，上下两层的睡床，而飞机后端的休息区则安排很像火车的卧铺车厢，左侧是上下两层的睡床，右侧则是供人休息的坐椅。浴室里也只有一个洗手盆，没有淋浴喷头，让他感觉到自己像一个斯巴达勇士，而不是乘坐高级飞机的部长。
飞机内部的装修不豪华，但实用性很强。拿厨房来说，厨房的面积很小，但烹饪机器人能在短时间内为机上几十、甚至上百口人准备好一顿可口的饭菜。美国前防长盖茨此前曾对记者抱怨说，他的舱位连一个窗户都没有，到处都是密封的，让他感觉到自己是个在经历磨难的斯巴达勇士，或被“快递”了，而不太像是乘坐高级飞机的部长。尽管贵为部长，浴室也只有一个洗手盆，甚至没有花洒，而普通工作人员的居住条件更差。
为了免遭恐怖袭击和破坏，飞机上的一些电子设备采用很多年前的落伍技术。2012年，一位技术士官接受“探索频道”访问时说：“发生灾难性事件时，低科技可以十分有利。科技越高，电子零件便越多，飞机损坏的机会便更大。”